Inheemse soorten
Eén van de belangrijkste doelstellingen van Faunapark Flakkee is mensen bewust maken van het belang van biodiversiteit en de invloed van mensen daarop, zowel positief als negatief. De inheemse planten en dieren die van nature aanwezig zijn in Nederland en in Faunapark Flakkee spelen een belangrijke rol in dit bewustwordingsproces.
Faunapark Flakkee heeft een inventarisatie gemaakt van alle inheemse dieren die in het park gezien kunnen worden. Insecten, vlinders, vogels en zelfs vleermuizen, een groot aantal inheemse diersoorten heeft uit zichzelf een plekje gevonden in deze dierentuin en is regelmatig te zien en te horen. Maar Faunapark Flakkee doet meer dan alleen inventariseren, er wordt voortdurend hard gewerkt aan het optimaliseren van Faunapark Flakkee als leefgebied voor inheemse soorten. De beplanting bestaat uit soorten die een belangrijke rol spelen voor insecten en vlinders die op hun beurt weer belangrijk zijn voor de vogels en vleermuizen.
Voor bezoekers aan Faunapark Flakkee is de groene hartroute ontwikkeld. Deze leidt de bezoekers door de dierentuin langs alle plekken waar inheemse dieren gezien kunnen worden. Er zijn informatieborden over deze dieren geplaatst en er wordt uitgelegd hoe mensen zelf kunnen bijdragen aan het vestigen van deze soorten in hun eigen leefomgeving. De Groene hartroute vormt daarmee eigenlijk een dierentuin binnen de dierentuin, waarin dieren niet in verblijven zijn geplaatst maar waarbij de omstandigheden voor vestiging voor inheemse soorten zó optimaal zijn, dat inheemse soorten uit zichzelf een plekje hebben gekozen in Faunapark Flakkee en in steeds grotere aantallen te zien zijn.
Conservatie programma’s
Binnen de Europese dierentuinen worden twee verschillende soorten fokprogramma’s gehanteerd: het EEP en het ESB.
European Endangered Species Programme (EEP)
Het European Endangered Species Programme (EEP) is een fokprogramma voor bedreigde diersoorten.

Het doel van de EEP’s is enerzijds dat dierentuinen hun dieren niet zonder meer uit het wild hoeven te halen, zeker niet als het bedreigde diersoorten zijn, door het opbouwen en levensvatbaar houden van populaties dieren van een bepaalde soort. Het overgrote deel van de dieren in Europese dierentuinen is thans in gevangenschap geboren.
Naast het kunnen laten zien van dieren in een dierentuin, is één van de uitgangspunten van de EEP’s ook het terugplaatsen van bedreigde diersoorten in de natuur. Het initiatief tot de EEP’s is genomen in 1985, toen verschillende Europese dierentuinen startten met het opzetten van fokprogramma’s voor bedreigde diersoorten.
European Studbook (ESB)
Het European Studbook (ESB) is een Europees stamboek van een bepaalde diersoort.
In een ESB worden alle gegevens van een diersoort bijgehouden met de bedoeling de voortgang van zeldzame of bijzondere diersoorten te coördineren.
Van een diersoort wordt een ESB bijgehouden als de diersoort wel zeldzaam of bijzonder is, maar nog niet zo zeldzaam dat er een EEP van hoeft te worden opgezet. Ook kan van een diersoort een ESB worden bijgehouden als wordt verwacht dat de diersoort in aanmerking komt voor een EEP.
Ethische Code Dierentuinen
Faunapark Flakkee onderschrijft de Ethische Code Dierentuinen en neemt waar mogelijk deel aan fokprogramma’s en uitwisselingsprogramma’s op nationaal en internationaal niveau
Samenwerking
Faunapark Flakkee probeert zoveel mogelijk samen te werken met andere dierentuinen.
Op dit moment participeert het park in het fokprogramma voor de Vietnam Fazant
